Чингис хаан болон Эзэнт гүрний түүх, археологи, угсаатны зүйн судалгаа — дотоод ба гадаад хамтын төсөл, эрдэм шинжилгээний хурал, тэтгэлэг.
Музейн эрдэм шинжилгээний баг 4 үндсэн чиглэлээр судалгааны ажлыг тогтмол явуулж, олон улсын түвшинд хүргэдэг.
Чингис хаан болон Монголын эзэнт гүрний түүхэнд холбогдох түүх, археологи, угсаатны зүйн чиглэлээр эх сурвалж, дурсгалт газрын судалгаа явуулдаг музейн эрдэм шинжилгээний үндсэн чиглэл.
Гадаад болон дотоодын эрдэм шинжилгээний байгууллага, их сургууль, музейтэй хамтран судалгааны төсөл, хөтөлбөрүүдийг хэрэгжүүлдэг. ШУА-ийн Археологийн хүрээлэн, ШУТИС, Унгар улсын Угсаатны зүйн музей зэрэг түнштэй ажилладаг.
Чингис хаан болон Монголын эзэнт гүрний түүх, өв соёлын судалгааны үр дүнг хэлэлцэх эрдэм шинжилгээний хурал, симпозиумыг тогтмол зохион байгуулдаг.
Музейн судлаачдын эрдэм шинжилгээ, судалгааны ажлыг дэмжих зорилгоор Чингис хаан Үндэсний музейгээс судлаачдад зориулсан тэтгэлгийн хөтөлбөр хэрэгжүүлдэг.
